Ένεκα της πολυδιάστατης φύσης της αποστολής της, η οποία συνάγεται στην ανάγκη καθημερινής διεκπεραίωσης διαφορετικών λειτουργιών και καθηκόντων από τα διάφορα Τμήματα και Ομάδες της, η Μονάδα Λ&ΝΑ οργανωτικά και επιχειρησιακά είναι υποδιαιρεμένη σε τέσσερα βασικά Τμήματα, ως ακολούθως: Τμήμα Παράκτιου Συστήματος Ραδιοεπισήμανσης, Λιμενικό Τμήμα, Ναυτικό Τμήμα, Τμήμα Τεχνικής Υποστήριξης.
Το Τμήμα Παράκτιου Συστήματος Ραδιοεπισήμανσης, εντός των πλαισίων των διεθνών και ευρωπαϊκών υποχρεώσεων της Δημοκρατίας, έχει γενικά την ευθύνη επιτήρησης της θαλάσσιας κυκλοφορίας στις θαλάσσιες ζώνες της Δημοκρατίας και ειδικότερα την ευθύνη, για την επιτήρηση των θαλασσίων συνόρων για πάταξη του διασυνοριακού εγκλήματος και της παράτυπης μετανάστευσης, για την ανταλλαγή πληροφοριών με συναρμόδιες αρχές σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο, αλλά και την ευθύνη συντονισμού των θαλασσίων επιχειρήσεων στις οποίες μετέχει η Λ&ΝΑ. Η επιτήρηση της θαλάσσιας κυκλοφορίας επιτυγχάνεται μέσω ενός παράκτιου συστήματος ναυτικών RADARs, αλλά και άλλα συμπληρωματικά συστήματα ηλεκτρονικής επιτήρησης, τα οποία εντοπίζουν, υποτυπώνουν και παρέχουν πληροφορίες για τα στοιχεία ταυτότητας και θέσης των πλοίων και σκαφών που ευρίσκονται στην ευρύτερη θαλάσσια περιοχή της Κύπρου.
Το Λιμενικό Τμήμα, έχει γενικά την ευθύνη αστυνόμευσης των λιμανιών / λιμενικών εγκαταστάσεων και μαρίνων που συνιστούν θαλάσσια σημεία εισόδου στην Δημοκρατία, καθώς και την ευθύνη υλοποίησης συγκεκριμένων λιμενικών καθηκόντων που έχουν σχέση με την ασφάλεια και την εξυπηρέτηση πλοίων, σκαφών, πληρωμάτων και επιβατών στους εν λόγω χώρους, συμπεριλαμβανομένης της συμβολής στη διεκπεραίωση των διαδικασιών που αφορούν τις διατυπώσεις υποβολής δηλώσεων για τα πλοία, κατά τον κατάπλου ή/και απόπλου από λιμένες των Κρατών Μελών της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Το Ναυτικό Τμήμα, έχει γενικά την ευθύνη στελέχωσης και συντήρησης των πλωτών μέσων που διαθέτει η Μονάδα με τα οποία διεξάγει θαλάσσιες περιπολίες και επιχειρήσεις στην θαλάσσια περιοχή δικαιοδοσίας της Μονάδας. Μέσα σε αυτά τα πλαίσια, μέσω της διεξαγωγής θαλάσσιων περιπολιών είναι αρμόδιο γενικά για τον έλεγχο και την αστυνόμευση (επιβολή του Νόμου) των θαλασσίων συνόρων της Δημοκρατίας, που ταυτίζονται με τα χωρικά ύδατα, την αστυνόμευση της συνορεύουσας ζώνης της Δημοκρατίας, καθώς και για την υλοποίηση συγκεκριμένων ναυτικών καθηκόντων, που αφορούν τη διεξαγωγή θαλάσσιων επιχειρήσεων αστυνομικής και άλλης φύσης, όπως για συνδρομή άλλων συναρμόδιων υπηρεσιών εντός και εκτός Αστυνομίας στα πλαίσια επιβολής της Νομοθεσίας που εφαρμόζεται στις θαλάσσιες ζώνες της Δημοκρατίας, αλλά και τη διεξαγωγή επιχειρήσεων έρευνας και διάσωσης προσώπων σε κίνδυνο, υπό το συντονισμό του Κέντρου Συντονισμού Έρευνας και Διάσωσης (ΚΣΕΔ).
Το Τμήμα Τεχνικής Υποστήριξης, έχει την ευθύνη της τεχνικής υποστήριξης των πλωτών μέσων και του εξοπλισμού τους, κυρίως στον μηχανικό, ηλεκτρολογικό και ηλεκτρονικό τομέα. Για τον σκοπό αυτό, στη Μονάδα λειτουργεί πλήρως εξοπλισμένο και στελεχωμένο μηχανουργείο, όπου διεξάγονται εργασίες επισκευής, συντήρησης, επιδιόρθωσης, αναβάθμισης, προσαρμογής και αντικατάστασης εξοπλισμού, καθώς και άλλες πολύπλοκες εργασίες τεχνικής φύσης.
Ομάδα Αυτοδυτών της Λ&ΝΑ, έχει την ευθύνη υλοποίησης επιχειρησιακών καταδύσεων στη θάλασσα και τους υδατοφράκτες της Κύπρου, στα πλαίσια επιχειρήσεων αστυνομικής και άλλης φύσης. Στελεχώνεται από κατάλληλα εκπαιδευμένα και προσοντούχα Μέλη που εκπαιδεύονται στην Κύπρο και το εξωτερικό.
Ομάδα Νηοψίας της Λ&ΝΑ, έχει την ευθύνη εμπλοκής σε επιχειρήσεις που αφορούν καταστάσεις αυξημένου ή/και υψηλού κινδύνου που τυγχάνουν διαχείρισης από τη Λ&ΝΑ, όπως επιχειρήσεις επιβολής του Νόμου που αφορούν την πρόληψη και καταστολή του σοβαρού εγκλήματος και την προστασία της λιμενικής υποδομής και εξυπηρετούμενων πλοίων / σκαφών από ασύμμετρες απειλές. Η Ομάδα Νηοψίας ειδικεύεται στην διενέργεια νηοψιών, με δυνατότητα εκτέλεσης μη συναινετικών νηοψιών, καθώς και στην εκτέλεση επιχειρήσεων ναυτικής αποτροπής, για την αναχαίτιση συγκεκριμένων ειδών φορτίων κατά την είσοδό ή την έξοδό τους από μια προκαθορισμένη θαλάσσια περιοχή. Στελεχώνεται από κατάλληλα εκπαιδευμένα και προσοντούχα Μέλη που εκπαιδεύονται στην Κύπρο και το εξωτερικό.